De zeevaartschool staat in Palompon op het eiland Leyte, waar 8 november 2013 de extreem krachtige orkaan Yolanda overheen trok. Aan de oostkant van het eiland werd de plaats Tacloban zeer zwaar getroffen doordat ook een vloedgolf aan land kwam. Door deze combinatie waren er ook veel dodelijke slachtoffers. Het aan de westkant (lijzijde) van het eiland gelegen Palompon bleef de vloedgolf bespaard, waardoor de stormschade vooral materieel was. Onder de leraren en leerlingen van de zeevaartafdeling van PIT waren niettemin drie dodelijke slachtoffers te betreuren. Zij bevonden zich tijdens de storm in de buurt van Tacloban.