Nefkens vader had met Ben van Haarlem een bedrijf in scheepsbenodigdheden, waardoor Piet opgroeide in de wereld van de binnenvaart. Zelf begon hij zijn loopbaan als bevrachter bij de NPRC. In 1970 trouwde hij met Conny van Haarlem en tussen 1972 en 1988 hadden zij eerst een bunkerstation in Weurt en later in Lobith en Dordrecht.
In de jaren tachtig ontwikkelde Nefkens de eerste software voor de binnenvaart, een computerprogramma voor het stuwen van containers, het laden van tankers en de eerste reisplanner. Van 1991 tot 1995 werkte Nefkens als shipsupervisor bij Danser Container Lines. Daarna begon hij een eigen adviesbureau. Nefkens werd adviseur van de groep containeroperators van het CBRB, was nautisch-technisch adviseur van Koninklijke Schuttevaer en de grote trekker van Bureau Telematica Binnenvaart.