De aanwijzing van de gebieden Waddenzee, Noordzeekustzone en de duingebieden op alle Waddeneilanden stuitte op een groot aantal bezwaren. Belangenorganisaties als het ProductschapVis,Vogelbescherming, Waddenvereniging en diverse eilandbesturen zijn het met de aanwijzing niet helemaal eens.
De milieuorganisaties vinden dat de minister niet ambitieus genoeg is bij het voorop stellen van natuurwaarden. Ze vinden dat de minister veel meer kan doen om flora en fauna meer levenskansen te geven. De Raad van State heeft die bezwaren echter afgewezen. Volgens de Raad doet de minister genoeg om de natuurwaarden in de aangewezen gebieden te beschermen.