Op 25 januari 2005 deden de gemeente Rotterdam en Havenbedrijf Rotterdam N.V. aangifte in verband met een vermoeden van strafbare feiten. Die hingen samen met in de jaren daarvoor onbevoegd verstrekte garanties door Scholten ten gunste van het RDM-concern van Van den Nieuwenhuijzen. De aangifte heeft geleid tot een omvangrijk strafrechtelijk onderzoek door FIOD-ECD onder leiding van het Functioneel Parket dat zich toespitste op beide heren.